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Transcriptomique et Génomique Marseille-Luminy
(Béatrice LORIOD)
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La plateforme TGML offre un accès aux outils expérimentaux et bioinformatiques pour l'étude du Transcriptome, du Génome et de l'Épigénome de nombreuses espèces du monde du vivant. Cette offre inclut l'aide à la conception et un suivi personnalisé des projets sous forme de service ou de collaboration après sélection par le comité de pilotage. Elle contribue à la mise en place de standards adaptés aux technologies proposées, ainsi qu'à la veille scientifique et technologique au niveau régional et national. La plateforme, labélisée IBiSA, est membre fondateur du consortium France Génomique.

Une expertise et un savoir-faire au service des laboratoires et industriels
Nos prestations de services technologiques

- Transcriptomique : RNA-seq (polyA, ribodéplété, miRNA) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
- Génomique: Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, small/large InDels, etc.
- Epigénomique: ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, Mnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
- Analyse bioinformatique: à la demande selon le projet
- Conseil et accompagnement des projets scientifiques et technologiques

- En développement: Single-cell et long-read
  • Des équipements performants
    - Séquencage: Next-seq 500 (Illumina)
    - Puces: Fours à hybridation (Agilent), scanner « lames de verre » 2 µM (Agilent), laboratoire sans ozone
    - Single-cell / long-read synthétique: Chromium Controller (10X Genomics)
    - Automatisation: EVO150 (Tecan), Apollo-324 (WaferGen), Fragment Analyzer (Advanced Analytical)
    - Informatique:
    * Puissance de calcul: 18 noeuds, 288 coeurs, 1.5 To RAM
    * Stockage des données: 1 baie avec gpfs de 220 To

  • Des experts
    - 3 ingénieurs expérimentalistes
    - 1 ingénieur bioinformaticien
    - 1 responsable de plateforme
Exemples de réalisations académiques

- Identification de mutations ponctuelles (modèles animaux et maladies rares)
- Etudes épigénomiques au cours du développement thymique et de la spermatogenèse
- Etude transcriptomique du sepsis sévère

Exemples de réalisations industrielles

- Analyse transcriptomique pour des industriels (Prediguard, SANOFI-Aventis, Bioderma, Servier, etc...)

Une offre de formation dynamique
Nos formations
  • Stages
    Stages à la demande

  • Formation des utilisateurs de la plateforme
    Formation assurée projet par projet

  • Organisation d'ateliers scientifiques et techniques
    Ateliers Inserm n°160, 211, 212, 215 et 235
https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
Publications

Thomas-Chollier M, Darbo E, Herrmann C, Defrance M, Thieffry D, van Helden J. A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs. Nat Protoc. 2012 Jul 26;7(8):1551-68. doi: 10.1038/nprot.2012.088.
Lepoivre C, Bergon A, Lopez F, Perumal NB, Nguyen C, Imbert J, Puthier D. TranscriptomeBrowser 3.0: introducing a new compendium of molecular interactions and a new visualization tool for the study of gene regulatory networks. BMC Bioinformatics. 2012 Jan 31;13:19. doi: 10.1186/1471-2105-13-19.
Gaucher J, Boussouar F, Montellier E, Curtet S, Buchou T, Bertrand S, Hery P, Jounier S, Depaux A, Vitte AL, Guardiola P, Pernet K, Debernardi A, Lopez F, Holota H, Imbert J, Wolgemuth DJ, Gérard M, Rousseaux S, Khochbin S. Bromodomain-dependent stage-specific male genome programming by Brdt. EMBO J. 2012 Oct 3;31(19):3809-20. doi: 10.1038/emboj.2012.233. Epub 2012 Aug 24.
Sawan C, Hernandez-Vargas H, Murr R, Lopez F, Vaissière T, Ghantous AY, Cuenin C, Imbert J, Wang ZQ, Ren B, Herceg Z. HAT cofactor Trrap Maintains Self-renewal and Restricts Differentiation of Embryonic Stem Cells. Stem Cells. 2013 Jan 29. doi: 10.1002/stem.1341. [Epub ahead of print]
Pekowska A, Benoukraf T, Zacarias-Cabeza J, Belhocine M, Koch F, Holota H, Imbert J, Andrau JC, Ferrier P, Spicuglia S. H3K4 tri-methylation provides an epigenetic signature of active enhancers. EMBO J. 2011 Aug 16;30(20):4198-210. doi: 10.1038/emboj.2011.295.

Laboratoire "Theories and Approches of Genomic Complexity" Inserm U1090

Organismes
et/ou structures d'appartenance :

Unité Mixte Inserm / Aix- Marseille Université

Nos clients

Analyses transcriptomiques de la société Prediguard (Dr. Philippe Benech) pour SANOFI-Aventis, Bioderma, Servier, etc...

Nos collaborations

- Fondation des Maladies Rares
- CIML
- IBDML
- CRCM
- EraNet
- IAB (Grenoble)
- IARC (Lyon)
- CNRS
- Inra
- Aix Marseille Université
- IRD
- AP-HM

Secteurs d'activité

Génomique fonctionnelle (Génome, Epigénome, Transcriptome)

Mots clés

Puces à ADN/ARN, PCR, qRT-PCR, Séquençage à très haut débit, Bioinformatique


Accréditations/Certifications

GIS IBiSA, France Génomique, Cancéropôle PACA, Plateforme technologique AMU

Outils informatiques propriétaires

Disponibles :
- le logiciel GeVarA pour l'analyse de variants génomiques
- outils de conversion et analyse à façon (wig, bed, sam, etc.)
En développement:
Workflows pour l'analyse du transcriptome, du génome et de l'épigénome.

Contacts

Béatrice LORIOD
Tél : 06 17 25 70 34 / 04 91 82 87 13
Email : beatrice.loriod@inserm.fr

TAGC/TGML Inserm U1090
Bât TPR2 entrée A, SS.
Case 928
163, Avenue de Luminy,
13288 Marseille cedex 9- France