PACA-BioInfo
(Jean-Michel CLAVERIE)
<< Plateforme précédente Plateforme suivante >>
Mise à disposition de logiciels d'analyse de séquences, de génomes, de transcriptomes, et de structures de protéines; Bioinformatique Structurale, génomique comparative ; bases de données spécialisées en Microbiologie : Rickettsia, Tropheryma, Mimivirus et autres virus géants. Pipeline convivial d'alignement multiple de séquence et de phylogénie moléculaire : Phylogeny.fr (hot paper 2009). Analyse et stockage de données massive de séquençage (NGS : 454, Solid, Illumina), Metagénomique, Métatranscriptomique, et bar-coding (18S) environnemental
Une expertise et un savoir-faire au service des laboratoires et industriels
Nos prestations de services technologiques
- assemblage/ annotation de génomes microbiens
- assemblage/ annotation de génomes viraux
- analyse métagénomique/métatranscriptomique
- exploitation de données NGS (454, Illumina, Solid)
-
Des équipements performants
Portail Internet, fermes de calcul, stockage massif de données
Exemples de réalisations académiques
PACA-Bioinfo est impliqué dans plusieurs collaborations internationales de séquençage génomique, de métagénomique et de bar-coding, des collaboration nationales en génomique microbienne et en analyse de transcriptome
Exemples de réalisations industrielles
Access en libre service des logiciels existants,
Ipsogen (collaboration pour une thèse), Sanofi-Aventis, Deinove...
CNRS
Organismes
et/ou structures d'appartenance :
CNRS
Nos clients
Deinove
Sanofi-Aventis
Secteurs d'activité
Bioinformatique, Génomique comparative, phylogénie moléculaire métagénomique
Mots clés
Analyse des génomes et du transcriptome, Phylogénie
Accréditations/Certifications
Certification CATI (CNRS)
Outils informatiques propriétaires
Samba, ElNemo, Phydbac, Phylogeny.fr, CaspR, Gigablaster
Contacts
Jean Michel CLAVERIE
Tél : 04 91 82 54 20
Email : jean-michel.claverie@univ-amu.fr
IGS-UPR2589, Parc Scientifique de Luminy - 163 Avenue de Luminy
Case 934, FR- 13288, Marseille cedex 09, & IFR-88, Institut de Microbiologie de la Méditerranée,
31, chemin Joseph Aiguier, 13402 Marseille Cedex 20, France.