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PACA-BioInfo
(Jean-Michel CLAVERIE)
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Mise à disposition de logiciels d'analyse de séquences, de génomes, de transcriptomes, et de structures de protéines; Bioinformatique Structurale, génomique comparative ; bases de données spécialisées en Microbiologie : Rickettsia, Tropheryma, Mimivirus et autres virus géants. Pipeline convivial d'alignement multiple de séquence et de phylogénie moléculaire : Phylogeny.fr (hot paper 2009). Analyse et stockage de données massive de séquençage (NGS : 454, Solid, Illumina), Metagénomique, Métatranscriptomique, et bar-coding (18S) environnemental

Une expertise et un savoir-faire au service des laboratoires et industriels
Nos prestations de services technologiques

- assemblage/ annotation de génomes microbiens
- assemblage/ annotation de génomes viraux
- analyse métagénomique/métatranscriptomique
- exploitation de données NGS (454, Illumina, Solid)
  • Des équipements performants
    Portail Internet, fermes de calcul, stockage massif de données

Exemples de réalisations académiques

PACA-Bioinfo est impliqué dans plusieurs collaborations internationales de séquençage génomique, de métagénomique et de bar-coding, des collaboration nationales en génomique microbienne et en analyse de transcriptome

Exemples de réalisations industrielles

Access en libre service des logiciels existants,
Ipsogen (collaboration pour une thèse), Sanofi-Aventis, Deinove...

CNRS

Organismes
et/ou structures d'appartenance :


CNRS

Nos clients

Deinove
Sanofi-Aventis

Secteurs d'activité

Bioinformatique, Génomique comparative, phylogénie moléculaire métagénomique

Mots clés

Analyse des génomes et du transcriptome, Phylogénie


Accréditations/Certifications

Certification CATI (CNRS)

Outils informatiques propriétaires

Samba, ElNemo, Phydbac, Phylogeny.fr, CaspR, Gigablaster

Contacts

Jean Michel CLAVERIE
Tél : 04 91 82 54 20
Email : jean-michel.claverie@univ-amu.fr

IGS-UPR2589, Parc Scientifique de Luminy - 163 Avenue de Luminy
Case 934, FR- 13288, Marseille cedex 09, & IFR-88, Institut de Microbiologie de la Méditerranée,
31, chemin Joseph Aiguier, 13402 Marseille Cedex 20, France.